Az igazgatóság operatív vízgazdálkodási feladatokat ellátó területi egységei a szakaszmérnökségek. A szakaszmérnökségek illetékességi területének a kijelölésében meghatározó szerepet játszott a vízgyűjtő-centrikus szemlélet. Fentiekből adódóan a vízminőségi körzeteket a szakaszmérnökségek illetékességi területére szerveztük.
1.sz. Vízminőségi kárelhárítási körzet (Gyulai Szakaszmérnökség)
A Fehér-, a Fekete- és a Kettős-Körös vízgyűjtőterületét foglalja magába.
2.sz. Vízminőségi kárelhárítási körzet (Szeghalmi Szakaszmérnökség)
A Hármas-Körös jobb oldali vízgyűjtőterületét foglalja magába.
3.sz. Vízminőségi kárelhárítási körzet (Szarvasi Szakaszmérnökség)
A Hármas-Köröst és a bal oldali vízgyűjtőterületét foglalja magába.